L’histoire du musée c’est celle d’hommes convaincus et passionnés. Par leurs actions respectives ils ont contribué à la prise en compte de la richesse des civilisations africaines  de l’Ouest.

Un homme respectueux des cultures : Melchior de Marion Brésillac

Après douze ans passés en Inde, il fonde en 1856  un institut missionnaire et conseille à ses prêtres d’oublier leurs nationalités, pour se faire à la culture des peuples qu’ils approchent.
Sa première mission en Sierra Léone lui fut fatale : il meurt de la fièvre jaune l’année de son arrivée.

Un meneur d'hommes : Augustin Planque

A 33 ans il prend la relève et exhorte les missionnaires à envoyer « des objets usuels qui sont en dehors de nos mœurs » (1862).

Naissance du Musée

En 1863 arrivée des premières caisses et présentation des objets dans une maison bourgeoise de Sainte Foy les Lyon sous la forme d’un cabinet de curiosités. En 1870 les collections sont transférées cours Gambetta sur un seul niveau.
En 1880 il prend le nom de « musée des curiosités d’Afrique » : objets de la vie quotidienne, animaux naturalisés, gravures s’y côtoient. Le public est particulièrement attiré par les fétiches.
 En 1894 le musée obtient la médaille d’or en participant à l’exposition coloniale de Lyon.
En 1900 la collection est présente à l’exposition universelle de Paris.

L'évolution du Musée

De 1900 à 1919 lors de la séparation de l’Eglise et de l’Etat, le musée est fermé, les collections sont mises en dépôt à la Propagation de la Foi (rue Sala Lyon) et chez des particuliers. Peu d’objets sont récupérés, une nouvelle phase d’envoi d’objets débute. Dans les années 20 les artistes se passionnant pour « l’art nègre » et contribuent à la médiatisation des cultures africaines.
En 1926, le Père Chabert inaugure le nouveau musée, dévoillant ces collections sur 3 niveaux. C'est encore ce batiment que vous découvrirez aujourd'hui. 

Un passionné: Francis Aupiais

Parti au Dahomey en 1903, il crée en 1925 une revue ethnographique « la reconnaissance africaine ». Il en est le directeur mais la rédaction est assurée par ses anciens élèves dahoméens. Il revient en 1926 avec vingt neuf caisses remplies d’objets et une documentation scientifique de grande qualité. Il met en place une exposition itinérante à travers la France et la Belgique qui remporte un vif succès. Beaucoup de ces objets appartiennent à la collection actuelle du musée. Il fait aussi des conférences sur le travail forcé en Afrique ce qui n’est pas du goût du président Doumergue et lui vaut une disgrâce de plusieurs années. Ami d’Albert Khan il participe à la réalisation de films sur les moeurs des animistes, ouvrant la porte à des cérémonies tenues secrètes pour les européens.
Après la mort d’Aupiais le musée ne se développe plus faute de personnel. Les objets venant d’Afrique ne sont plus répertoriés, arrivant sans données scientifiques.
En 1956, il y a une prise de conscience de la société des Missions Africaines qui décident de conserver et de protéger ces objets.

Le Renouveau

De 1976 à 1979 des travaux de rénovation sont entrepris et présentent sur les 3 niveaux : la vie quotidienne, la vie sociale incluant l’influence européenne, et la vie religieuse. C'est à cette époque que le musée des Missions africaines devient le Jean-Marc Desjardins des cultures de l'ouest.
En 1999 le troisième étage est entièrement rénové.

Aujourd'hui, l'objectif principal du musée est de promouvoir les artistes africains contemporains et de dynamiser la collection permanente par des visites guidées, contées ou des ateliers créatifs.